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甘肅省醫藥學校現設有藥劑、藥物分析、藥品營銷、中藥學、醫藥電子商務、生物制藥技術和醫藥衛生財會等7個專業。其中藥劑專業是我校的優勢專業，醫藥電子商務、生物制藥技術和醫藥衛生財會是我校的特色專業。所有專業的學制都是三年(高中班兩年)，學生在校學習近兩年(高中班一年)，主要學習基礎課程和專業課程，進行必要的專業技能訓練。學生掌握了就業必需的專業知識和技能以后，由學校招生就業辦公室推薦到工作崗位進行頂崗實習和就業，實習期間享受企業工資待遇。
甘肅省醫藥學校環境
甘肅省醫藥學校教學設施完備。設有計算機室、多媒體教室、藥用植物標本室、生藥標本室、中藥鑒定實驗室、中西藥調劑室以及教學藥店等實驗實訓設施，為開展實踐教學提供了有力的保障。尤其是建立了學校虛擬仿真制藥廠，利用計算機仿真技術對制藥企業的制劑全過程及設備操作過程進行仿真模擬，為學生在走向工作崗位之前提供一個非常貼近實際情景的鍛煉環境。藥用植物標本室收藏有全省藥源普查的全部標本資料，屬全省唯一，是教學和科研的珍貴資源。
甘肅省醫藥學校兼職教師30人，其中高級講師10人，講師13人，助理講師7人。還常年從蘭大、中醫學院固定外聘教師8人，形成了一支內外聘結合以內聘為主，專兼職結合以專職為主的經驗豐富的高素質師資隊伍。學校還與沈陽藥科大學合作設立了沈陽藥科大學甘肅函授站進行函授專科和本科學歷教育，以藥學專業為主，學制兩年半。學生在校學習期間可通過成人高考參加函授專科學習，進行進一步深造，提高學歷。另外，學生也可參加“三校生”考試到其他高等院校對口專業進行學習。
